حقد الوثنيون كثيرا علي مارمرقس بسبب نجاحه الشديد في جذب النفوس إلي الإيمان المسيحي ؛ وفي ليلة 29 برمودة 68م ؛كان المسيحيون يعيدون بعيد القيامة ؛وتصادف في نفس الليلة كان الاحتفال الوثني بعيد الإله سيرابيس ؛فهجم الوثنيون علي الكنيسة ؛وسحلوه في شوارع الإسكندرية كلها حتي تخضبت الأرض بالدماء الطاهرة التي لمارمرقس ؛ثم سجنوه في سجن مظلم حتي الصباح ؛ فقضي مارمرقس الليلة في السجن وهو مهشم الجسد ؛ولكن روحه كانت متعلقة بالرب ؛فظهر له ملاك الرب ليقويه ولمسه وقال له ( يا مرقس . أيها الخادم الصالح :قد أتت ساعتك ؛وستنال مكافأتك حالا ؛تشجع فقد كتب أسمك في سفر الحياة )وبمجرد أن أختفي الملاك ظهر له السيد المسيح وقال له "يامرقس ؛ياتلميذي ؛يا إنجيلي ؛ليكن السلام لك " وفي صباح الغد 30 برمودة رجع الوثنيون مرة أخري ؛وأخذوه من السجن وربطوا عنقه بحبل غليظ ؛وكرروا ما فعلوه في الليلة السابقة ؛وهو في كل ذلك كان يصلي طالبا لهم المغفرة ؛وأخيرا قطعوا رأسه ونال أكليل الشهادة ونال معه ثلاثة أكاليل هم : اكليل الشهادة ؛ اكليل الرسولية ؛اكليل البتولية .
علي أن موته لم يهديء ثائرة الوثنيين وحقدهم ؛ففكروا في حرق الجسد الطاهر فجمعوا حطبا كثيرا ؛وأعدوا نارا لحرقه ؛ولكن في تلك اللحظة هبت عاصفة شديدة مصحوبة بمطر غزير ؛فتفرق الشعب وأنطفأت النيران .فأتي مجموعة من المؤمنين ووحملوا جسد ؛وصلي عليه خليفته القديس انيانوس مع الأكليروس والشعب كله ؛ودفنوه في قبر نحتوه له داخل الكنيسة ؛وفي نفس مكان دفنه استشهد القديس بطرس خاتم الشهداء "البطريرك السابع عشر " في سنة 310 م