وبالحقيقة كانت الكنيسة مزدهرة ونامية طوال العصور التي ازدهرت فيها مدرسة الإسكندرية؛ إذ كانت مصدرًا للنور والمعرفة اللاهوتية والدينية لا يمكن الاستغناء عنها، وكانت أيضًا سر القوة الخفية وراء كنيسة الإسكندرية في القرون الخمسة الأولى – إذ هو سر شهرة باباواتها وبطاركتها؛ إذ كانوا يُحْسَبون كَحُرّاس للإيمان الأرثوذكسي. وبسبب اتساع سلطتهم كانوا شغوفين بالمعرفة، فَحُسِبوا "معلمي المسكونة"، وكانت لهم الكلمة الأخيرة الفاصلة.
وفي أواخر القرن الخامس الميلادي ضعف الإقبال على المدرسة اللاهوتية وأصابها الذبول والانحلال.
وقد رأينا العلامة رودون وهو آخر مدير للمدرسة نقلها من الإسكندرية إلى صيدا.
وأخيرًا بعد أن كانت المدرسة منارة للمسيحية في العالم كله بدأت تضعف نتيجة انقسام الكنيسة في مجمع خلقدونية المشئوم سنة 451 م.
وهكذا تخلفت المدرسة وانتقل التراث العلمي واللاهوتي إلى الأديرة في وادي النطرون.