يقضي فرس النهر معظم يومه في المياه الضحلة، ويخرج ليلا للسفر إلى مروج فرس النهر، وهي مناطق عشبية حيث يرعون، ويسمح لهم الرعي في الليل فقط بالحفاظ على رطوبة جلده وبعيدا عن أشعة الشمس الأفريقية، وعندما لا يرعون على العشب الذي يأخذهم في الليل إلى الأراضي المنخفضة الأفريقية على بعد عدة أميال من الماء ولفترات من خمس أو ست ساعات على امتداد، يفضل فرس النهر قضاء وقته مغمورا كليا أو جزئيا في بحيرات المياه العذبة والأنهار، وأحيانا حتى في مصبات الأنهار المالحة، وحتى في الليل يبقى بعض أفراس النهر في الماء في الأساس يتناوبون على مروج فرس النهر.