رغم وجود بعض الجدل حول أصول وتاريخ كلاب الشيواوا، يبدو أن أصل هذه السلالة يعود على الأرجح إلى المكسيك. اسم شيواوا مشتق من الولاية المكسيكية التي تحمل الاسم نفسه، والتي تقع على حدود ولايات أريزونا وتكساس ونيو مكسيكو. ويُعتقد أن هذه الكلاب وصلت إلى الولايات المتحدة عندما بِيعَت للسياح العابرين للحدود.
هناك أدلة على أن كلاب الشيواوا تعود بنسبها إلى التيتشيتشي، وهي حيوانات أليفة استأنسها التولتيك في المكسيك القديمة. اعتقدت الطبقة العليا من التولتيك أن التيتشيتشي حيوانات مقدسة قادرة على إرشاد الروح إلى العالم الآخر. دُفن العديد من التيتشيتشي مع أسيادهم بناءً على هذا الاعتقاد.
بالإضافة إلى كلاب التتشيتشي، قد يكون لكلاب الشيواوا أسلاف أقدم ضمن سلالتها. عُثر في السلفادور والمكسيك والولايات المتحدة على قطع أثرية تحمل صور كلاب صغيرة ذات عيون واسعة تشبه كلاب الشيواوا. يعود تاريخها إلى حوالي عام 100 ميلادي، وربما كانت جزءًا من لعبة طفل.