بدأ الكرسى المرقسى من الإسكندرية أولا، ومنذ القرن الحادى عشر وفى عهد البابا خريستوذولوس البطريرك 66 "1047- 1077" تم نقل الكرسى المرقسى إلى كنيسة المعلقة، ومن المعلقة نقل إلى كنيسة أبو سيفين بمصر القديمة.
ومن القرن الرابع عشر وحتى القرن السادس عشر نقل إلى كنيسة العذراء حارة زويلة . ثم نقل بعدها إلى كنيسة العذراء حارة الروم .
ومنذ عام 1799 وحتى عام 1971 نقل إلى الكنيسةالمرقسية بكلوت بك ومدفون بها الآباء البطاركة "البابا مرقس الثامن – البابا بطرس السابع "الجاولي" – البابا كيرلس الرابع "أبو الإصلاح " – البابا ديمتريوس الثانى – البابا كيرلس الخامس – البابا يوأنس التاسع عشر – البابا مكاريوس الثالث – البابا يوساب الثانى".
وفى عهد قداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث "نيح الله نفسه فى فردوس النعيم" نقل الكرسى المرقسى إلى أرض الأنبا رويس بالعباسية ومازال بها حتى الآن.