استقلت كنيسة البانيا في عهد البطريرك المسكوني بينامين الأول عام 1937 .عانت الكنيسة الألبانية الاضطهاد منذ العام 1945 زمن الحكم الشيوعي حيث سُجن كهنة ومؤمنون وعُذبوا ومنذ العام 1967 حين أُعنلت ألبانيا اول دولة ملحدة، دُمّرت جميع الكنائس (1600 كنيسة ودير) ومنعت الممارسات الدينية بكل أشكالها، حتى إن اقتناء الكتاب المقدس او اي كتاب ديني كان يعتبر جرماً.