لما ساءت صحة فرنسيس وشعر بدنو أجله , استدعى إخوته و الأخت كلارا و أخواتها، وفي نشوة سماوية راح يتغنى بلحن استوحاه من فرحه وغبطته وهو نشيد الخلائق أو نشيد الأخت الشمس: "أيها الرب الكلي السمو والقدرة والمحبة.. لك التسبيح والمجد والتكريم.. وكل تبريك.. بوركت يا إلهي عن أختنا و أمنا الأرض.. التي تغذينا وتسندنا وتنتج شتى الثمار.. والأزاهير والأعشاب ... مجدوا الرب وامدحوه .. اشكروه واخدموه... جميعكم بكل تواضع "(38)..
إن أهم فقرة أضافها فرنسيس إلى نشيد الخلائق عندما دنا أجله فعلا ً، حيث طلب من الإخوة أن يغنوا له أنشودة المحبة بخاتمتها التالية: "نحمدك اللهم حمداً لأجل أخينا الموت, موت الجسم, الذي لا ينجو منه من الأحياء حي، الويل لمن يموت موت الخطيئة والهلاك, والطوبى لمن يتمم إرادتك المقدسة، إذ لا يستطيع الموت الآخر إليه سبيلاً " (40)..
قال أحد الفرنسيسكانيين : "إنّ نشيد الخلائق هو عهد القديس فرنسيس, هو إشادته بالحياة على عتبة الموت, ومعانقته البشر في ساعة الفراق والرحيل, والغناء وسط التلوي من الألم"