جبهة الرفض ضد الرئيس:
تكونت جبهة رفض من أربعة أعضاء من المجلس التنفيذي "قاموا بانتداب القس صموئيل مشرقي للتحدث باسمهم وأخطر المجلس الملّي الإنجيلي ببطلان هذا الحل وكافة تصرفات القس بطرس لبيب وكان ذلك خلال شهر مارس سنة 1958"(81)
قرار الفصل وقرار التنحية:
كان رد فعل القس بطرس على هذا بأنه عقد مجمعًا في بلدته دير الجرنوس في 9/4/58 وقرر فيه فصل الأعضاء الأربعة، فقاموا هم بعقد مجمعا عام في مدينة سمالوط في 29/8/58 وأعلنوا تنحية القس بطرس من رئاسة الجماعة.