سحب لقب كنيسة ثم إعادته:
في 21/8/48 تقدمت كنيسة السلام بطلب انفصال عن الكنيسة الخمسينية فقرر المجلس الملّي في 20/4/49 سحب لقب كنيسة من كل من كنيسة السلام وكنيسة الله الخمسينية، وفي مايو سنة 49 تقدم القس بطرس لبيب بطلب معترضًا على قرار المجلس الملّي، واستجاب المجلس له في 14/4/1950 واعتبر كنيسة الله الخمسينية كنيسة إنجيلية.
الصراع بين الرئيس والأعضاء:
في 15/5/56 انضم لكنيسة الله الخمسينية كل من القس صموئيل مشرقي والقس رزق حبشي، وتم تشكيل مجلس تنفيذي بمعرفة القس بطرس لبيب رئيس الجماعة إلا أن هذا المجلس لم يرق لنائب الرئيس القس سعد قليني فأسرع بتقديم طعن ضد رئيسه لدى المجلس الملّي، فقام القس بطرس بفصله من الإنابة في 8/8/56، وفصل أيضًا أمين الصندوق السيد/ جيد حنين في 29/8/57، وقام بحل المجلس التنفيذي في 1/2/58م.