1. المجلس المحلي للكنيسة برئاسة القسيس مع بعض الشيوخ وبعض الشمامسة الذين يتم انتخابهم.. 2. المجمع الخاص بكل طائفة ويضم جميع القسوس التابعين للطائفة في إقليم محدود (توزيع جغرافي)،بالإضافة إلى شيخ منتخب من كل كنيسة محلية، ويقوم المجمع بالرسامات في حدود دائرته فقط، ولكل مجمع رئيس ونائب وأمين سر وأمين صندوق. 3. السنودس: يشمل المجامع المختلفة ويضم جميع القسوس المقيدين في سجل عضوية المجامع بالإضافة إلى شيخ مدبر عن كل كنيسة، وينعقد السنودس مرة على الأقل كل سنة "السنودس كلمة ذات أصل يوناني تعبر عن المجامع الدينية، والسنودس في مصر هو سنودس النيل الإنجيلي وقد بدأ في عام 1899 وهو أعلى سلطة إنجيلية ويتبعه ثمانية مجامع ويعتبر بمثابة المجمع الأعلى والمحكمة العليا للكنيسة المشيخية المتحدة"(21) 4. المحفل العام: يتألف من نواب عن كل مجمع من قسوس وشيوخ مدبرين متساويين في العدد، وهو الذي يرأس السنودسات المختلفة، وله الحق في إنشاء سنودس جديد بناء على طلب من مجمعين أو أكثر، وينعقد مرة على الأقل كل سنة.