العودة إلى جنيف ثانية:
مدينة جنيف كان عدد سكانها 13 ألف نسمة وهي مدينة ناجحة ومستقرة.. بعد محاولات، استطاع وليم مع جون العودة إليها، وقد أحدثوا انقلابًا في المدينة، فحوَّلوا الكنائس الثلاث الكاثوليكية إلى كنائس بروتستنتية.. أما الكهنة الكاثوليك فقد اثروا الانسحاب من جنيف المدينة التي زال عنها سلطان الكنيسة..
الطرد ثانيةً من جنيف:
حدث خلاف شديد بين جون ووليم وبين المجلس الحاكم للمدينة، انتهى بطردهما مع رفقائهما من جنيف وصدر قرار الطرد على أن ينفذ خلال ثلاثة أيام.. فترك جون جنيف وذهب إلى ستراسبورج..