المشاكل مع الكنيسة:
دخل والد جون في نزاع ضد سلطات الكنيسة في نوبون، وانتهى الأمر بطرد جيرار من الكنيسة سنة 1529م، وبعد وقت قليل مات جيرار.. ومما أثر في نفسية جون أن السلطات الكنسية لم تسمح بدفن أباه في المكان المخصص لذلك إلا بعد المحاولات المميتة التي قام بها القس شارل شقيق جون الأكبر.. وزاد الطين بلة أن الكنيسة طردت أيضًا القس شارل ومات في سنة 1537م..
التحول إلى البروتستانتية:
رفض جون الكاثوليكية وتحول إلى البروتستانتية في الفترة من نوفمبر 1533 إلى مايو 1534م، وتصور أن إيمانه بالكاثوليكية كان مجرد خُزعبلات.. فيقول في مذكراته:
" بينما كنت شديد التمسك بالخزعبلات البابوية بصورة يصعب معها إخراجي من هذه الحمأة العميقة، حوَّل الله فكري في تجديد مفاجئ "(64)..