رابعًا في عهد الدولة الأيوبية (1171- 1250 م):
وحد الأيوبيون بين بلاد الشام ومصر حينما أخضعوا كلا البلدين تحت حكمهم الواحد، مما سهل حركة تنقل السريان لمصر. كما قصد المصريون بلاد الشام للتجارة وأستقر بعضهم بها، ومن ثم تكون مجتمع قبطي صغير في بلاد الشام. وكان مطران دمياط القبطي مسئولًا عنه في بداية الأمر، وكان يزورهم كلما أتيحت له الفرصة، وسجل لنا التاريخ خبر زيارة الأنبا ميخائيل مطران دمياط (مابين عامي 1157- 1208م) للقدس وبلاد الشام حيث زار دير السيدة العذراء بصيدنايا في 22 برمودة سنة 900 ش (17 أبريل 1184م)[51]، بل يذهب البعض إلى القول باحتمال وجود مذبح قبطي بكنيسة السيدة العذراء الكبرى بدير صيدنايا أسوة بسائر الطوائف الأخرى التي تملك مذابح في هذه الكنيسة[52].
كما سجل لنا التاريخ خبر زيارة الأسقف يوحنا أسقف دمشق لمصر في مهمة من جانب يوحنا البطريرك الأنطاكي إلى البابا يوحنا الثامن بطريرك الإسكندرية 1211م تقريبًا[53].