ثالثًا: في عهد الدولة الفاطمية (969-1171 م):
1- انتخاب شخصان من السريان بطاركة للأقباط:
على المستوى الرسمي في هذا العهد انتخاب شخصان من الكنيسة السريانية ليتبوءا الكرسي الرسولي الإسكندري كبطاركة للأقباط. أولهما كان البابا ابرآم بن زرعة، التاجر السرياني المقيم بمصر، الذي صار البابا ابرام بن زرعة البطريرك الـ62 (968م- 971م)، والذي في عهده تمت معجزة نقل جبل المقطم، وأُضيف صوم نينوى إلى أصوام الكنيسة القبطية[47]. أما الثاني فكان الشماس أبو الفرج بن أبي السعد بن زرعة الذي كان مستوفي الديوان الخاص، الذي صار البابا مرقس الثالث بن زرعة البطريرك الـ73 (1157- 1180م)[48].
2- سكنى الرهبان السريان بالأسقيط:
أما على الصعيد الرهباني فقد سجل لنا المؤرخ القبطي موهوب ابن منصور ابن مفرج الاسكندراني الشماس في الإحصاء الذي عمله لرهبان برية الأسقيط في شهر برمهات سنة 804 ش (= سنة 1088م) عدد الرهبان السريان سُكّان دير السيدة العذراء الخاص بالسريان، وقال أنهم ستون راهبًا. كما سجل لنا خبر أخر هام وفريد، بل قد يكون نادرًا من نوعه وغير مكرر، ألا وهو: سكن راهبان فقط في مغارة القديس الأنبا موسى الأسود، أحدهما كان سريانيًا والأخر قبطيًا[49].
3- جدل بين الكنيستين حول مادة القربان المقدس:
في عهد البابا خريستوذولوس البطريرك الإسكندري الـ66 (1047-1077م)، والبطريرك الأنطاكي يوحنا بن شوشان (1063-1073م) حدث جدل بين الكنيستين حول مادة القربان المقدس المستخدم في سر الإفخارستيا. حدث هذا الجدل حينما منعت الكنيسة القبطية أبناء ربيبتها السريانية المقيمين بمصر، من إدخال الملح والزيت إلى القربان المقدس. حيث أن التقليد القبطي يقضي بأن القربان المقدس لابد أن يكون خالًا من الملح والزيت، بينما يقضي التقليد السرياني أنه لابد أن يحويهما دلالة على بعض الرموز من العهد القديم، واستنادًا على العديد من أقوال بعض معلمي البيعة (خصوصًا البطريرك ساويروس الأنطاكي). فأرسل البطريرك السرياني رسالة لنظيره القبطي شرح فيها فلسفة آباء الكنيسة السريانية من إضافة هذه المواد للقربان المقدس[50]. فتقبلها البابا القبطي بهدوء، وانتهى الجدل هو هذه المسألة.