8- نفيه:
* لم يدم الحال هكذا طويلًا ففي 9 يوليو سنة 518 م. تولى يوستنيان الأول الإمبراطورية خلفًا لأنسطاسيوس،كان أحد قادة الحرس الإمبراطوري، شيخًا أميًا لا يعرف القراءة ولا الكتابة، متطفلًا على السياسة ويجهل علم اللاهوت. وكما يقول عنه الدكتور أسد رستم أنه جاء إلى العاصمة مغامرًا يمشى على القدمين من مقدونية على أنه في الواقع لم يكن شيئًا غير أنه جندي باسل. وكان يشايع النساطرة، وقد بذل طاقته في اضطهاد أصحاب الطبيعة الواحدة ونفيهم.
* نُفى القديس مار فيلوكسينوس إلى فيليبوبليس في تراقيا (ولاية أدرنه) ببلغاريا. وفيها كتب رسالته إلى رهبان دير سنون بالقرب من الرُها سنة 522 م. يصف فيها ما أحتمله من فلابيانوس ومقدونيوس ومن قلانديون قبلهما من متاعب شديدة.
* بعث عدة رسائل لتثبيت المؤمنين بالرغم من العذابات الفادحة التي تعرض لها في منفاه فكتب رسالتين إلى شمعون رئيس دير تلعدا، ورسالة إلى سائر الرهبان الأرثوذكس في الشرق، ورسالة إلى الرهبان الآمديين، بجانب الرسالة إلى دير سنون، جاء فيها:
[لقد أرسلوني إلى أمرَ وأقسى منفى، وأقاموا علىّ حراسًا من جميع الجهات، لئلا يزورني أحد من العلمانيين ويستمع إلىّ.
إنني مسجون في غرفة مساحتها أثنتا عشر ذراعًا، أقيم فيها أنا ومرافقي، وهى فوق مطبخ البيمارستان، حيث نختنق دائمًا بالدخان الكثيف، وإذا حُرمنا عون العناية الإلهية، سيفقد كل منا بصره قريبًا. ولذلك التمسنا منهم مرات عديدة أن أُنقل إلى السجن العام حيث جميع صانعي الشرور والقتلة، ولم أُجب إلى ملتمسي، ذلك لأن أسقف هذه المدينة الذي أُسلمت إليه ليحرسني، يكرهني كرهًا شديدًا أكثر من الذين أسلموني إليه، لأنه هرطوقي ومن الذين يغارون كثيرًا على المجمع المحروم الخلقيدوني].