7- في عهد فالفيان (فلابيانوس) الثانى:
* في عام 498 م. تنيح البطريرك بلاديوس وسيم فلابيانوس الثاني (498-512 م) عوضًا عنه. طلب منه مار فيلوكسينوس أن يعلن عن قبوله الهينوطيقون ويجحد نسطور والنساطرة مثل ثيؤدوريت أسقف قورش وهيبا أسقف الرُها وثيؤدور المصيصي، فثارت بينهما حرب شديدة.
* لقد تطلع فلابيانوس يسانده مقدونيوس بطريرك القسطنطينية إلى فيلوكسينوس كرجل هرطوقي خطير.
* أشار القديس فيلوكسينوس إلى الشدائد والمتاعب المُرة التي عانى منها بواسطة فلابيانوس ومقدونيوس، وذلك في رسالته إلى رهبان دير سنون، مظهرًا كم من الميتات قد أفلت منها، إذ يقول:
" أما الضيقات التي قاسيتها من فلابيانوس ومقدونيوس رئيس أساقفة أنطاكية والعاصمة (القسطنطينية) ومن قلانديون قبلهما، فهي معروفة، بل يُحدث عنها في كل مكان. هذا فضلًا عن وشايات المسمى فلابيانوس الهرطوقى بى إلى السلطات العليا في أثناء الحرب الفارسية، وعما جرى ليَ في الرُها وفي كورة الأفاميين وكورة الأنطاكيين أيضًا في أثناء وجودى في دير الطوباوى " مار بس"، بل في أنطاكية بالذات. ولما توجهت إلى العاصمة مرتين، عاملنى الهراطقة النساطرة بمثل ذلك".
* بدأ الصراع بين فلابيانوس ومار فيلوكسينوس مبكرًا، بعد سيامة فلابيانوس بفترة قصيرة، إذ طلب منه مار فيلوكسينوس أن يجحد نسطور والنساطرة. ويمكن تلخيص هذا الصراع في النقاط التالية:
* في عام 499 م. شخص مار فيلوكسينوس إلى القسطنطينية ليشكو بطريركه إلى أنسطاسيوس لتذبذبه في الإيمان، وقد حالت الحرب الفارسية تحقيق ذلك.
* في سنة 505 م. أثار فيلوكسينوس القضية من جديد ومعه الوسين أسقف ساسيما ونيقيا أسقف لاذقية سوريا، وأضطر فلابيانوس إن يحرم نسطور، وإذ ألحوا عليه أن يحرم النساطرة ديؤدور وثيؤدوريت وهيبا، حرم القديس ديسقورس ومن يقول بقوله، فبعث مار فيلوكسينوس بالوثيقة إلى أنسطاسيوس ليؤكد بها ميول فلابيانوس النسطورية، وكان ذلك سنة 507 م.
* استدعى الإمبراطور مارفيلوكسينوس سنة 507 لكن استطاع مقدونيوس أن يثير الجو ضده.
* إضطر فلابيانوس أن يحور آراءه فكتب إلى الإمبراطور دون أن يحرم القائلين بالطبيعتين، الأمر الذي لم يقنع مار فيلوكسينوس.