ظل جسد القديس مارمرقس ورأسه معا في تابوت واحد، حتى سنة 644 م.
وكان هذا التابوت محفوظا في كنيسة بوكاليا (دار البقر)،
وهى الكنيسة المعروفة باسم المغارة أو دير أسفل الأرض..
وكانت تطل على الميناء الشرقي للإسكندرية عند صخرة تقطع منها الحجارة،
في الموضع الذي تمت فيه شهادة مارمرقس.
ولما حدث الانشقاق الخلقيدوني سنة 451 م، ونفى القديس ديوسقورس البابا 25 من باباوات الإسكندرية عن كرسيه،
تعرضت الكنيسة القبطية لاضطهاد مريع من أصحاب الطبيعتين (الملكيين).
استمرت 190 سنة حتى الفتح العربي، واستولى الروم الملكيون على كنائسنا،
لدرجة أن كثيرا من باباواتنا ما كانوا يجلسون مطلقا على كرسيهم في الإسكندرية،
وما كانت لهم في الإسكندرية كنيسة واحدة يصلون فيها (1).
وبالتالي وقعت كنيسة مارمرقس بالإسكندرية (بوكاليا) في يد الروم الملكيين،
وفيها جسد مارمرقس كاملا. وظلت هكذا حتى عام 644 م.
____________
1- ساويرس بن المقفع: تاريخ البطاركة: من البابا 25 إلى البابا 38.