فى عهد البابا كيرلس نذكر شيئاً إهتم به البابا فحل مشكلة إستمرت حوالى مائة سنة ألا وهى مشكلة الأوقاف القبطية والنزاع بين الإكليروس والعلمانيين أعضاء المجلس الملى .
ففى عهده وبمفاوضات مع الدوله صدر قرار بقانون سنة 1960 م بإنشاء هيئة الأوقاف القبطية برئاسة البابا وعضوية ستة من الأراخنة وستة من أراخنة الشعب , وبذلك إنتهى النزاع حول الإشراف على الأوقاف .
من كلمة قداسة البابا شنودة الثالث لنياحة البابا كيرلس السادس