بعض أضرار الباوباب المحتملة:
الإخلال بقدرة الجسم على امتصاص بعض العناصر الغذائية الهامة من الطعام، لا سيما عند تناول بذور الباوباب.
مضاعفات صحية محتملة مرتبطة بمحتوى زيوت الباوباب من بعض أنواع الأحماض الدهنية الضارة.
ومثله مثل العديد من أنواع الفواكه والأغذية الطبيعية التي بدأ العلم للتو باستكشاف وبحث فوائدها وأضرارها، لا تزال أضرار الباوباب التفصيلية غير معروفة تمامًا، لذا يجب توخي الحذر عند استخدام الباوباب، كما يفضل تجنب الباوباب من قبل الحوامل والمرضعات.