معلومات إضافية
جلس على كرسي البطريركية بعد معلمة البابا بنيامين، وكان صالحًا كاسمه وهو من الإسكندرية، وأحزنه كثيرا رؤية أولاده في أيدي الأمم وتحت سلطانهم.
ولما فتح العرب عدة ولايات وجزر الروم في أمشير سنة 377 ش. وسنة 661 م. في عهد خلافة على ابن أبى طالب، نهبوا كل ما فيها وسبوا أهلها وأتوا بهم إلى مصر، فكان البابا أغاثون يبتاع منهم الرجال والنساء بالفضة والذهب، ويأتي بهم إلى بيوت المسيحيين خوفا من أن يسلموا.
وفي أيام هذا البطريرك عمرت البيعة التي على اسم أبى مقار، وكثر الأخوة حتى أنهم بنوا القلالي بقرب البهلس. وحدث أن رجلا تقيا حكيما يدعى يوحنا من سمنود كان راهبًا بدير أنبا مكاريوس في الإسقيط أصيب بمرض عِضال عديم الشفاء، وفي ذات ليلة رأى في نومه إنسانا مهيبًا لمسه فأبرأه، وخاطبه بان يقوم بالواجب الذي سَيُكَلَّف به فقام من وقته ومضى إلى دير من أعمال الفيوم ومعه تلميذاه واختفي هناك.
فظهر للبابا اغاثو في رؤيا أيضًا مَنْ قال له: ادع إليك القس يوحنا ليعينك ويساعدك وهو الذي يجلس بعدك على الكرسي.
وقضى البابا اغاثو بقية أيامه مهتما برسامة الكهنة المستحقين للشرطونية الخائفين من الله والناس، يشكرون الله على أفعاله. حتى أكمل كل أيامه بشيخوخة حسنة وأقام 17 سنة على كرسيه وتنيَّح بسلام في 16 بابة سنة 393 ش. وسنة 678 م.