11- وفاته بعد حياة حافلة بأعمال القداسة والعفة والزهد والرحمة وبعد أن عمل وعلم وصار عظيماً فى ملكوت السماوات ، رقد فى الرب فى يوم 23 فبراير 1923م الموافق 16 أمشير سنة 1639ش . وبذلك أكمل 76 سنة قضى منها عشرين سنة قبل الرهبنة و56 سنة بالدير إلى أن تنيح بسلام فى الساعة الثالثة من بعد ظهر يوم الجمعة من الأسبوع الثانى من الصوم الكبير ونقل جثمانه إلى الكنيسة وبات فيها إلى الساعة التاسعة من صباح السبت بعد انتهاء القداس الإلهي ، وقيل إن الآباء الرهبان لم يقووا على الصلاة عليه لأن كلاً منهم كان يغلبه البكاء والتأثر، ولا يستطيع أن يتمم الأوشية فيعطى المجمرة لآخر فيبدأ هذا الآخر ولا يقدر أن يكمل وكان وداعه حاراً وبكى وتأثر بفراقه الجميع .
وقد دفنوه فى مقبرة الرؤساء تقديراً لشخصيته الكبيرة ومكانته السامية فى قلوب الجميع .
*رؤية الراهب جبر مريم الحبشي : لقد سمع أنغاماً وترانيم شجية تملأ الدير ، وقت نياحة القمص ميخائيل البحيرى ، حيث كان طريح الفراش فى ذلك الحين ورأى البعض فوق مقبرته نور عظيم بعد نياحته ،وذلك عقب الغروب .