نياحته في المنفى:
ولم تدم هذه الحال طويلًا حيث كان يوجد بالمدينة ساحة فسيحة بجوار كنيسة أجيا صوفيا أقيم فيها تمثال من الفضة للملكة أفدوكسيا. وحدث يوم تنصيبه أن قام بعض العامة بالألعاب الجنونية والرقص الخليع، ودفعهم تيار اللهو إلى الفجور والإثم. فغار القديس يوحنا على الفضيلة التي امتهنت وانبرى في عظاته يقبح هذه الأعمال بشجاعة نادرة. فانتهز أعداؤه غيرته هذه ووشوا به لدى الملكة بأنه قال عنها: "قد قامت هيروديا ورقصت وطلبت رأس يوحنا المعمدان على طبق". فكانت هذه الوشاية الدنيئة سببًا قويًا لدى الملكة للحكم عليه بالنفي والتشديد على الجند الموكلين بحراسته بعدم إعطائه الراحة في سفره، فكانوا يسرعون به من مكان إلى آخر حتى انتهى بهم السفر إلى بلدةٍ يقال لها كومانا، وهناك ساءت صحته وتنيّح بسلام سنة 407 م.
في عهد تملك ثاؤدوسيوس الصغير ابن الملك أركاديوس، وفي سنة 437 م. أمر بنقل جسد هذا القديس إلى القسطنطينية حيث وُضع في كنيسة الرسل.
وتعيّد الكنيسة بهذا التذكار في الثاني عشر من شهر بشنس.