عـــزله من الرئاسة - وذهابه إلى دير البراموس
وأمتلأ الدير من أخوة الرب الأصاغر فى حظيرته من الفقراء والمحتاجين , ولم يرتح عدو الخير ورئيس هذا العالم لهذا العمل فبدأ الشرير فى زرع الزوان فى هذا الحقل المثمر فأثار الرهبان ضد رئيسهم لأجل الخير الذى يفعله فصاحوا الصيحة القديمة التى صاحها يهوذا قائلين : " ما هذا الإتلاف " .. وأتهموا القديس بتبديد أموال الوقف وأصروا على عدم قبوله رئيسا بعد لئلا يقضى على ما تبقى من أموال الدير .
بعد مـا يقرب من خمس سنوات من رئاسته للدير قـام بعض الرهبان بطلب إلى نيافة الأنبا مـرقس مطران البحيرة القائمقام بعد نياحة البابا ديمتريوس بعزل القمص بولس عن الـرئاسه بحجه انه يبدد اموال الدير على المساكين وهذا يوشك الدير على الافلاس والبعض اقدموا على ذلك رغبة منهم فى رجوع ابيهم الرئيس السابق القمص عبد الملاك الهورى واستجاب لهم الأنبا مرقس وتم عزله فى سنة 1870 م وتولى القمص ميخائيل الابوتيجى رئاسة الدير بعده وفرح البعض والبعض لـم يكن راضى.ï؟½بعد عـزله كرئيس واظهار عدم الرضا مـن بعض الرهبان وايضا جمهرة الفقراء والمحتاجين والمطالبه بالقمص بولس رأى القمص بولس من الافضل ترك الدير والذهاب لدير اخر وفى سنة1870م ترك الدير وذهب معه بعض تلاميذه المحبين له وهم القمص اقلاديوس الميرى والقمص سليمان الدلجاوى والقمص ميخائيل المصرى والقمص اقلاديوس الخالدى وكـان القمص ميخائيل البحيرى يريد الذهاب لولا القمص بولس غبريال الذى رفض ذلك فتوجهوا الى البطريركيه ومن هناك الى دير الأنبا بيشوى ولم يمكثوا اكثر من ثلاثة شهور انتقلوا بعدها الى دير السيدة العذراء البراموس وكان يوجد به القمص عبد المسيح المسعودى الكبير وهو تلميذ بولس غبريال وظلوا بدير البراموس احد عشر عاما حتى سنة1881م .