و كقائد روحي و أسقف استطاع أن يعضد الابرشيات و المجالس الكنسية و الكهنة، ولان شهرته الرعوية و الطبية كانت في ازدياد قامت السلطات الشيوعية بنقله و مع ازدياد ظلم السلطات ضد المسيحيين و السجناء السياسيين فقد بدأ اضرابا عن الطعام.
عام 1937 اعتقل القديس لوقا و قضى أكثر من عامين من الاستجواب و التعذيب و الاذلال و مع ذلك وضع رجاؤه على الرب و استطاع بشجاعة تجاوز هذه المحن ليس فقط برفض قبول التهم المزيفة الموجهة له و لكن لكي يعضد بقية المضطهدين فأضرب عن الطعام و أرسل خطابات إلى السلطات العليا ضد تصرفات النيابة العامة الغير قانونية و كان يخاطب رفاقه السجناء:إنهم يطالبونني بأن أخلع ثوب الكهنوت وأنا لن أفعل ذلك لإنها ستبقى معي حتى مماتي لقد خدمت الناس كطبيب و أخدمهم أيضا كخادم للكنيسة..."
كان جميع ممن عاصره خلال هذه المحن شاهداً على شخصيته الحقيقية فقد كان رحوماً كطبيب وكان يعالج بدون مقابل و بمحبة ، شارك جميع مرضاه آلامهم و كان ينظر إلى كل واحد منهم على أنه صورة فريدة لاتتكرر عن الله.
عام 1940م حكم على الأسقف لوقا بالسجن 5 سنوات في المنفى في منطقة كراسنويارسك و في عام 1941م عين مستشاراً لمستشفيات كراسنويارسك و قدم خدماته كطبيب في بداية الحرب العالمية الثانية.