وكان طبيعياً، ضمن رؤية الأب يوسف للأمور، أن يتضاعف الاهتمام بدراسة اللاهوت في المدرسة. ففي العام 1852، في زمن البطريرك إيروثيوس (1850 – 1885)، بادر الخوري يوسف إلى افتتاح فرع عال للعلوم اللاهوتية، وفي نيّته أن يجعله في مستوى أكاديمي رفيع يضاهي المعاهد اللاهوتية في العالم الأرثوذكسي. وقد انتظم في هذا المعهد اثنا عشر تلميذاً أصبحوا كلّهم من أحبار الكنيسة الأنطاكية. لكن موت الشهادة في السنة 1860 قطع عليه إرساء الحلم على قواعد ثابتة راسخة توفّر للمعهد ديمومته.
هذا وقد نفخ الخوري يوسف في تلامذته "روح سلام ونجاح لا مثيل لامتدادها – في نظر العارفين – إلاّ لكبار القدّيسين حتى إن تلك الروح المقدّسة تجاوزت تلامذته وخريجيه إلى جميع المتقربين منهم والمتخرجين عليهم والمعاشرين لهم. وهؤلاء نقلوها إلى مَن اتصل بهم حتى كانت بمثابة سلسلة مرتبطة الحلقات. فذاعت تعالميه وأثمرت تربيته صلاحاً".
إلى ذلك يذكر أن الأب يوسف كان أحد الذين علّموا في مدرسة البلمند الإكليريكية في وقت من الأوقات، بين العامَين 1833 و 1840.