ظلت كنيسة القديس سمعان محجّاً للمؤمنين يمكن مقارنته بأماكن الحج المسيحية في فلسطين رغم الدمار الذي لحق بالكنيسة والدير وذلك حتى القرن السادس عشر ، حيث كانت تأتيه النساء العاقرات طلباً للحصول على نعمة الأمومة . ويذكر أن أبو الحسن علي بن أبي بكر الهروي : \” دير سمعان فيه أثار عمارة لا يمكن أن يكون في الآفاق مثلها ، وفي وسط الدير قطعة عامود ينفع للحمى إذا أخذ من حكاكة الحجر على أسم المريض وينذر له شيء فإنه نافع مجرب \” . كما يلمح مؤرخ حلب ابن العديم إلى ذكر دير سمعان في كتابه : \” زبدة الحلب في تاريخ حلب \” . وكان دوسو أول من ذكر في 1896 وجود القلعة في كنيسة القديس سمعان ، وقد أكد وجودها الباحثان فان برشم وفاتيو في كتابهما \”رحلة إلى سورية\” وذكرا أن القلعة لم تشغل أيام المماليك في القرنين 14 و15 وربما سكنت بين القرنين العاشر والثاني عشر .
وبما يجدر ذكره أن الأب بولس سباط الحلبي يذكر وجود مخطوطتين برقم 492 و493 من فهرس مخطوطاته وهما من مجموعة ورثة رزق الله باسيل بحلب ، أحداهما رسالة في دير مار سمعان العامودي ورهبانه والأخرى في دير مار أنطاكية ورهبانها وكلتاهما للراهب قيصر . ولا يعرف مصير المخطوطتين المفقودتين اللتين ربما حوَتا معلومات هامة عن أديرة المنطقة وبخاصة دير سمعان خلال أحدى الفترات التاريخية . حبذا لو يوافينا القراء ممن يعرفوا شيئاً عن المخطوطتين المذكورتين ، بما لديهم ، خدمة للعلم والتاريخ .
هذا وفي القرن التاسع عشر قام شيخ العرابي بسكن موقع كنيسة المعمودية ، بينما قام آغا كردي بالسكن في الجناح الشرقي للكنيسة بعد إقامة الجدران اللازمة لسد الثغرات . وقد قام تشالنكو وكرنكر في الثلاثينات بإزالة هذه الجدران الداخلية حين أجريا أبحاثهما وكشفا عن أرضيات الأجنحة لدراستها وإبرازها وترميم ما أمكن منها .
ويخبرنا تشالنكو بأنه قام بوضع ورق مزفت فوق الكتابتين اليونانية والسريانية التين كشفهما كرنكر في البهو الأوسط للكنيسة الشرقية وصبّ فوقهما عدسة رقيقة من الاسمنت حماية لهما وتمهيداً لنقلهما إلى أحد المتاحف ، ألا أنهما لازالتا مغطاتين في مكانهما حتى الآن .
ويقوم حالياً باحثان فرنسيان هما جان بيير سوديني وجان لوك بيسكوب بمتابعة دراسة عناصر كنيسة سمعنا العامودي مع إجراء بعض التحريات والتقنيات وبشكل خاص في أسفل الجناح الغربي للكنيسة المطل على وادي عفرين وإلى الغرب من كنيسة المعمودية . وقد كشفا مؤخراً عن بقايا فسيفساء في ركام الجناح الغربي ، ربما يعود إلى بناء الكنيسة الأول في نهاية القرن الخامس للميلاد وننتظر بفارغ الصبر نسر دراستهما الهامة بعد استكمال أعمال التنقيب .