وبعد تحتمس الرابع وامنحوتب الثالث ارتقى عرش ابنه امنحوتب الرابع (حوالي عام 1370-1353) فهجر طيبة وبنى عاصمة جديدة سماها اخت-اتون ومكانها اليوم يعرف باسم "تل العمارنة" في مصر الوسطى وقد قام هو وزوجته هليوبوليس دينًا له وهجر عبادة آمون في طيبة وغيّر اسمه إلى اخناتون ومن ثم قام نزاع بينه وبين كهنة آمون في طيبة وبينما كان منشغلًا في إصلاحاته الدينية بدأت الإمبراطورية تفقد ممتلكاتها في فلسطين وسوريا الواحدة بعد الأخرى وقد كان موت اخناتون الضربة القاضية التي قضت على كل إصلاحاته الدينية.
وقد اكتشفت مراسلات امنحوتب الثالث وابنه اممنحوتب الرابع أو اخناتوت الدولية. اكتشفت عام 1887 في تل العمارنة وقد كانت تلك السجلات في شكل لوحات فخارية كتب معظمها بالخط الأكادي المسماري وتذكر هذه اللوحات "الحبيرو" الذين أحدثوا اضطرابًا في فلسطين وسوريا. ويرّجح أن في اسمهم كثيرًا من الشبه مع اسم العبرانيين وقد اعتقد البعض أن العصيان والاضطراب اللذان أحدثهما الحبيرو يتصلان صلة وثيقة بالفتوحات التي قام بها العبرانيون في فلسطين وبذلك يؤيدون النظرية القائلة بأن الخروج حدث في القرن قبل الميلاد. على أن نشاط "الحبيرو" كان أوسع مدى واتساعًا من ميدان نشاط العبرانيين.
أما ثاني الفراعنة الذين خلفوا اخناتون فهو زوج ابنته توتعنخ آتون الذي اضطر إلى ترك عبادة آتون وإلى تغيير اسمه إلى توت عنخ آمون ومعناه "آمون جميل في الحياة" وقد زعم على ترك المدينة الملكية أخت-آتون وأن يعيد البلاط الملكي إلى طيبة. وقد اكتشفت مقبرته في سنة 1922 اكتشفها العالم الأثري هاورد كارتر ووجدت زاخرة بالأثاث الجنائزي.
أما رمسيس من الأسرة التاسعة عشر الثاني الذي حكم حوالي 1223-1290 ق. م. وهو من أشهر فراعنة مصر قديمًا فقد قاد معركة بالقرب من قاديش ضد الحثيين وحلفاءهم فقهرهم وتعقبهم إلى نهر العاصي. وأخيرًا في السنة الحادية والعشرين من ملكه انتهت الحرب بين المصريين والحثيين وعقدت معاهدة صلع بين رمسيس الثاني وحتوسلس ملك الحثيين. وبموجب هذه المعاهدة احتفظت مصر بفلسطين والجزء الجنوبي من سوريا. ويظن كثيرون أن البناء العظيم هو فرعون الذي بنى له العبرانيون المدينة المسماة باسمه رعمسيس (خر 1: 11) وقد وردت في السجلات التي تركها أنه استخدم عبيدًا من "العبيرو" في مشاريع البناء التي قام بها. وعلى أساس تاريخ تخريب بعض المدن في فلسطين يتجه البعض إلى تحديد تاريخ الخروج في أثناء حكمه وفي أوائل القرن الثالث عشر قبل الميلاد