الأناجيل القانونية لا تشير إلى مقتل والد يوحنا النبي زكريا، غير أن الأبوكريفا والتقليد ومنهم إنجيل الطفولة ليعقوب،[23] نقلوا أن هيرودس الملك لما أطلق حملته لقتل أطفال بيت لحم كما هو وارد في إنجيل متى، هربت أليصابات بطفلها إلى الجبال والبراري وقضت هناك ست سنوات، وبعد ذلك توفيت وظل الصبي يوحنا مقيمًا في البرية، إلى حين بدء دعوته النبويّة.[24] وجاء في هذه التقاليد أيضًا أن جند هيرودوس جاؤوا إلى النبي زكريا وسألوه عن مكان الولد، فأجابهم أنه لا يعلم، فما كان منهم إلى أن قتلوه.[24] هناك رواية ثانية في الأبوكريفا لهذه الأحداث تقول أن النبي زكريا حمل الطفل إلى القدس ووضعه على المذبح في هيكل الرّب، فعندما أدركه الجند ليقتلوه صلّى إلى الله لكي ينفذ الطفل، فخطفه ملاك إلى بريّة تدعى "بريّة الزيفانا"، ولأن الجنود لم يجدوا الطفل قتلوا والده زكريا بين الهيكل والمذبح،[24] وفي رواية ثالثة أن أليصابات عندما سمعت أن جند هيرودس يريدون قتل أطفال بيت لحم وما جاورها، هربت نحو براري تلك المنطقة للاختباء، ولكنها لم تجد مكانًا تختبئ فيه، فصلّت إلى الله لتجد مخبئًا فانشقّ جبل قريب، فاختبأت داخله مع طفلها، إلى جانب وجود ملاك أمّن حماية لهم.[24] نالت الرواية الأولى شعبية أكبر في أوساط آباء الكنيسة، وفي تقليد الكنيسة الكاثوليكية وكذلك الأرثوذكسية الشرقيةوالمشرقية فإن زكريا قد قُتل على يد جند الملك هيردوس، في حين صمتت الرواية الرسمية عن طريقة موته وعن وضع يوحنا وأمه خلال هذه الفترة الطويلة، من مولده وحتى بداية نشاطه العلني.