بوصوله إلى الإسكندريّة لم يكن قد اقتبل الإسكيم الرهبانيّ بعد. وقد ورد في كتاب "المرج" أنّ صفرونيوس ويوحنّا خرجا إلى شيخ فاضل مصريّ المولد وأعربا له عن رغبتهما في العيش رهباناً أحدهما مع الآخر وسألاه كلمة منفعة فأجابهما قائلاً: "حسناً تفعلان إن هجرتما العالم لأجل خلاص نفسَيكما يا ولديّ. أقيما في هدوء القلاية ولاحظا فكركما وصليّا بلا انقطاع. ثقا بالله وهو يعطيكما أن تعرفاه ولسوف ينير ذهنيكما".
يُذكر أن صفرونيوس صيّره يوحنّا راهباً إثر داء ألمّ به ولم يكن يتوقّع أن يُشفى منه. لكن، بنعمة الله، تعافى قدّيسنا وأخذ، مذ ذاك، يجاهد بالأكثر من أجل خلاص نفسه والآخرين.
في ذلك الوقت استعرت هرطقة الطبيعة الواحدة واخذت تتفشّى في كلّ البلاد المصريّة. ويبدو إنّه كان لصفرونيوس ويوحنّا دور بارز في التصدّي لهذه الهرطقة. وقد أحبّهما البطريرك القدّيس يوحنّا الرحيم حبّاً جمّاً وكان لهما في قلبه تقدير كبيرّ.
من الأخبار المرويّة عن صفرونيوس والبطريرك أنّ هذا الأخير اعتاد كلّ أربعاء وجمعة أن يجلس عند مدخل الكنيسة فاسحاً في المجال لأيٍ كان أن يأتي إليه ويعرض قضيّته. وكان هو يسعى إلى زرع السلام بين المتخاصمين وإنصاف المظلومين بما أوتي من سلطان وإمكانات.