دخول العثمانيون الدير واستشهاده:
في العام 1424م وفد إلى الدير جنود عثمانيون فاقتحموه وقتلوا كلّ الرهبان الذين كانوا فيه وسرقوا كلّ المثمّنات التي طالتها أيديهم.
أفرام، يوم ذاك، كان خارج الدير. فلما عاد وشهد الخراب وما حلّ بالرهبان، حزن بعمقٍ لكنّه لم يشأ أن يغادر المكان مهما كلّف الأمر.
وكان أن عاد العثمانيون في 14 أيلول سنة 1425م إلى الدير. أفرام، هذه المرّة كان موجودًا، فأُخذ أسيرًا وعُذّب تعذيبًا رهيبًا.
فترة تعذيبه امتدّت ثمانية أشهر ونصف الشهر. وقد تمّت شهادته في 18 أيار من العام 1426م، الساعة التاسعة صباحًا وكان اليوم ثلاثاء. كان قد بلغ الثانية والأربعين من العمر. قيّدوه إلى شجرة توت لا تزال إلى اليوم.
جعلوا رجليه إلى فوق ورأسه إلى تحت، وقد سمّروا رأسه ورجليه وجرّحوه بالكامل وأشبعوه ضربًا وطعنوه في أحشائه بخشبة مسنّنة تتّقد فصارت أحشاؤه تحترق. وقد أمعنوا في جسده تنكيلاً حتى بعدما لفظ نفسه الأخير.
هكذا استكمل شهيد المسيح شهادته. ووري الثرى في باحة الدير، وقد بقي أكثر من خمسمئة عام لا يدري بأمر شهادته أحد إلى أن شاءت النعمة الإلهية أن يخرج ذكره إلى العلن معزيًّا للمؤمنين ومشدّدًا ومعينًا.
يوم اكتشفت الراهبة عظام القدّيس وأخذت تستخرجها من الأرض، أمطرت الدنيا وأوحلت الأرض فتعذّر عليها إتمام عملها فجعلت العظام كما هي في كوّة فوق القبر، وغادرت على أن تعود في الغد لإتمام ما شرعت فيه.