الاضطّهاد العثماني:
حسّادًا كثيرون أخذوا يكيدون له المكائد. فإذ كان البطريرك سمعان قد ترك غنى وافرًا فإن عين السلطة التركية كانت على الميراث. حاول نيفون أن يحافظ على الموجود ما أمكن. أثار حرصه عداء الحكومة له، فصادرت كميّة كبيرة من الأواني المقدّسة وأطلقت حملة اضطهاد على الكنيسة، ألقت العديد من الإكليروس في السجون. وإذ بلغ السلطان بايازيد الثاني أن البطريرك وراء هذه المسألة، سخط عليه وأقاله (1488م).
طُرد نيفون من المدينة فلجأ إلى دير السابق المجيد في سوزوبوليس في تراقيا. بقي هناك سنتين يسأل الصفح لأعدائه. إثر الفترة البطريركية الثانية التي قضاها القدّيس ديونيسيوس وكذلك مكسيموس الرابع، استدعي نيفون، مرّة أخرى، ليتسلّم كرسيّ القسطنطينية، كان هذا في آواخر العام 1497م. وجد الكنيسة هناك في اضطراب عرضة لفضائح جمة.
ذات يوم التقى البطريرك في الشارع السلطان وموكبه. حياه دون أن يبدي في حضرته الإكرامات التي يفرضها العُرف. للحال جرت إقالته، مرة أخرى، ورُحل إلى أدرينوبوليس، إلى كنيسة القدّيس استفانوس. صار ممنوعاً عليه أن يعلم (1498م).