عاش القدّيس نكتاريوس في ديره مدة /12/ سنة، وفي عام 1920م أُصيب بآلام وأوجاع شديدة فذهب إلى دير للسيدة العذراء- في الجزيرة ذاتها - كي يتضرّع إلى أيقونة والدة الإله من أجله. وقضى ساعات طويلة أمام الأيقونة راكعاً يصلّي، ومن ثمّ عاد إلى ديره، وأثناء عودته قال للراهبة نكتاريّة التي كانت ترافقه: "هذه آخر مرة أبارك فيها الدير، لأنّي أرحل" فسألته الراهبة: "إلى أين ستذهب يا أبي؟" "إلى السماوات" "ونحن ماذا سيحلّ بنا بدونك؟" " أنتم سوف يأتون كثيرون ليهتمّوا بكم، لا تقلقي". ومنذ ذلك الوقت أصبحت آلامه قويّة جداً، فنقلته الراهبات إلى المستشفى في أثينا. وهناك سأل الممرض الراهبة: "أراهب هو؟" أجابته: "إنه مطران!" قال لها: "دَعي المزاح الآن، ما اسمه ومن هو؟" أجابته: "إنه مطران المدن الخمس. إنّه نكتاريوس!" فقال منذهلاً: "مطران هو، ولا يحمل ذهباً على صدره! ولا يملك دراهماً!" . فحقاً لم يملك القدّيس نكتاريوس دراهماً البتّة، بل عاش كأحد الفقراء المتواضعين!". وبقي في المستشفى مدة شهرين تقريباً معانياً الآلام والأوجاع القاسية، ومن ثمّ غادر هذه الدنيا في التاسع من تشرين الثاني عام 1920م بعد أن تناول الأسرار الإلهية. وبينما يلفظ القدّيس أنفاسه الأخيرة ألبسته الراهبات ثياباً جديدة. وعندما ألبسوه القميص، وضعوا قميصه القديم على السرير المجاور، الذي صدف أن كان عليه شخصٌ أعرج، فإذا به يصحّ ويقوم ماشياً ممجّداً الله. أمّا الغرفة فقد امتلأت برائحة زكيّة فاضت من جسد القدّيس. وفي اليوم التالي نقلوه إلى ديره في "آيينا" حيث رافقه جمع غفير من الكهنة والناس، واستقبله أهل الجزيرة بالبكاء بينما كانت الأجراس تدق، ووضعوه في كنيسة الدير. وعند المساء أُقيمت صلاة الجناز، وأثناءها عرق كتف القدّيس وكثيرون أخذوا من عرقه بواسطة مناديلهم بركة منه. ثمّ دفنوه في قبره في الدير. أما قصة هذا القبر فهي كالتالية: