-الخوري يوسف ودعاة البروتستانتية:
وكانت للخوري يوسف أكثر من مواجهة مع دعاة البروتستانتية، أبرزها في حاصبيا وراشيا، ثم في دمشق بالذات.
ففي حاصبيا لقي المرسلون البروتستانت الأميركيون نجاحاً من خلال مدرستهم التي أقاموها هناك. وقد انضمّ إليهم مئة وخمسون شخصاً. إثر ذلك حصل خلاف حاد بين هؤلاء، ومعظمهم من الروم الأرثوذكس، وبقية الروم في حاصبيا وراشيا وتوابعهما. فأوفد البطريرك مثوديوس الخوري يوسف إلى هناك، حيث أقام بضعة أشهر، وتمكّن من ردّ بعض القطيع الشارد إلى الحظيرة، كما أفحم المرسلين الأميركيّين في أكثر من مناسبة، ونجح في إيقافهم عند حدّهم.
أمّا في دمشق فقد سعى الخوري يوسف بالرعاية والوعظ والإرشاد إلى توعية شعبه وتنبيهه وتحصينه ضد البدع والهرطقات الرائجة آنذاك.
ومما يروى عنه بشأن التعامل مع المرسلين الأجانب، أن مرسلاً انكليزياً، اسمه جريم، لعلّه كبيرهم، كان يلتقي الخوري يوسف ويباحثه في مسائل الكتاب المقدّس. وفطن يوسف إلى أنّ جريم هذا بدأ يطرح عليه أسئلة ثمّ يحرّف أجوبته عليها، فطلب أن تكون أسئلة المرسلين خطية. وبعدما بعثوا إليه بعدّة أسئلة لم يجبهم، فظنّوا أنّهم أفحموه. فجاؤوا إليه في الأسبوع الأول من الصوم الكبير، مرّة، فأجابهم على كل أسئلتهم، واحدة فواحدة، بتدقيق وإقناع حتى عادوا متعجبين من دقّة بحثه وكثرة علمه وزادت منزلته في عيونهم. ويقال إنّهم أقلعوا، مذ ذاك، عن حملاتهم، وصاروا من أصدقائه، يسرّون بزيارته ويسألونه لا كمحاججين بل كمستفسرين.