انتقل الكثير من أبناء كنيسة المشرق الأشورية إلى الكنيسة الكلدانية – الكاثوليكية، جاء هذا بجهود عمل الرهبان والكهنة الرعوي بين القرى. كما قام المبشرون الأنكليكان والارثوذكس الروس بحملة تبشير في الريف الاشوري، وخصوصًا في إيران وجبال هكاري، ممّا قلّص عدد المنتمين إلى بطريركية قوجانس. وخلال الحرب الكونية الاولى (1914-1918)، نكبت العديد من مناطق المسيحيين المشرقيين، فبطريركية قوجانس فقدت موطنها (منطقة هكاري) ونحو ثلث سكاّنها، كما أن آلاف الكلدان في سعرد وديار بكر والجزيرة وبحيرة وان وماردين ذبحتهم تشكيلات خاصة عثمانية. وازيلت ابرشيات: سعرد والجزيرة ودياربكر ووان وقتل بعض أساقفتها، ونذكر على سبيل المثال المؤرخ ذائع الصيت أداّي شير، رئيس اساقفة سعرد ويعقوب أبراهام وتوما أودو. اما كلدان الموصل وأطرافها، فلم يصبهم الأذى بفضل إدارة البطريرك عمانوئيل الثاني الحكيمة. وفي عام 1947 تبوأ يوسف غنيمة كرسي بابل (+1958) ونقل عام 1950 الكرسي إلى العاصمة بغداد، ليكون قريبًا من مراكز السلطة المدنية ومن أبناء شعبه الذين بدأوا يتوافدون إليها بسبب فرص العمل والدراسة في المدارس المتخصصة والجامعات. وبوفاته، انتخب خلفا له بولس الثاني شيخو، مطران حلب عام 1958 وبعد أشهر من تسنمه الكرسي البطريركي حصل انقلاب في الحكم. قتل الملك وأعلنت الجمهورية وجاء الى السلطة الزعيم عبد الكريم قاسم. ثم كانت ثورة عام 1968، التي قام بها حزب البعث العربي الاشتراكي وترأس الجمهورية أحمد حسن بكر ثم خلفه صدام حسين (1979-2003) الذي دام حكمه نحو خمسا وعشرين سنة. لم تنعم البلاد بالراحة، بل عاشت أوضاعا متعبة: ثلاث ثورات وبروز القضية الكردية حيث نزح آلاف المسيحيين من قراهم أو رُحلوا بسبب الحرب التي شنها النظام على المناطق الكردية فدمرت قرى بكاملها وكنائس وأديار، ثم أعقبتها الحرب الإيرانية (1980-1988) ومعها بدأت موجة الهجرة إلى الخارج. ولم تكن الكنيسة قادرة على معالجة نزوح ابنائها من الشمال ونزيف الهجرة.