واتصل الدبلوماسيون المغول بالغرب. والأكثر شهرة من بينهم هو ويكور أو الراهب برصوما الذي كان مساعدا للجاثليق مار يهبالاها الثالث المغولي (1291-1317). أوفده الملك المغولي أرغون خان، إلى الإمبراطور البيزنطي في القسطنطينية، اندرونيكوس الثاني، والى ملك فرنسا، فيليب الرابع، وملك انكلترا، أدور الأول والى البابا نيقولاوس الرابع (1288-1292)، لتشكيل جبهة مشتركة من أجل إنقاذ الأراضي المقدسة. وكانت الحروب الصليبية في أشدها، لكن مساعيه باءت بالفشل. وفي روما احتفل برصوما بالقداس في كنيسة مار يوحنا اللاتراني وبحسب الطقس المشرقي، وحضره البابا وتناول القربان من يديه. وبواسطة برصوما، تعرّفت الدوائر الرومانيةcuria على كنيسة المشرق التي لم تكن معروفة لديهم بشكل جيد من قبلُ. وبعد موت برصوما (10/1/1294) استمرت المراسلات بين الكرسي ألرسولي ويهبالاها ولكن من دون نتائج تذكر. وفي زمن يهبالاها وتحت الحكم المغولي الأول، عرفت كنيسة المشرق انتشارا واسعًا من القدس إلى الصين والهند. وفي بغداد سُمحَ للبطريرك الإقامة في أحد قصور العباسيين. ولكن لم يدم الوضع على هذه الحال، فعندما جاء الخان الثاني غازان، ابن أرغون واعتنق الإسلام رسميًا، ضايق المسيحيين كثيرًا، ودمرت بعض الكنائس أو حولت إلى مساجد، ونهبت دار البطريركية. وبدأ أفول أهم كنيسة مُبشِّرة في القرون الوسطى. وقام خلفه طيمثاوس الثاني (1318-1331) بعقد مجمع لإجراء بعض إصلاحات ولملمة قوى الكنيسة، ويُعدُّ آخر مجمع يذكر لهذه الكنيسة قبل القرن التاسع عشر. وفي العقود الأخيرة من القرن الرابع عشر، مسحت حملة تيمورلانك العسكرية العديد من أبرشيات كنيسة المشرق، وصارت الأبرشيات النائية معزولة عن مركز رئاستها الأم، وامّحت شيئا فشيئا في الصين بعد اندحار المغول.