وقد ترأس ماروثا أسقف مدينة ميافرقين الحدودية، بعثتين عام 399 وعام 408 واستمرّت إلى 410. تعرّف خلالها على وضع المسيحيين. ومارس نفوذًا شديدًا على يزدجرد، حتى نال منه منحهم حرية ممارسة شعائرهم الدينية علنًا، وفرصة تنظيم مراكزهم وشؤونهم الخاصة، أسوة بالآخرين. ولإعطاء دفعة قوية لكنيسة المشرق، قام بإعداد مجمع شامل يضّم أساقفة هذه الكنيسة، عقد عام 410، تحت رئاسة اسحق الجاثليق، وعرف باسمه، ويعد الأول من نوعه. حضر هذا المجمع أربعون أسقفا، فضلاً عن ماروثا الذي أشرف عليه. وأتخذ الآباء قرارات حاسمة تخّص العقيدة والادارة والطقوس. ومن جملة ما تبنوا، نذكر: قانون إيمان نيقية، وأُحاديّة الرئاسة في شخص كبير أساقفة المدائن، وتراتبية الأبرشيات.
وقد اعتمدت المجامع اللاحقة قرارات هذا المجمع المؤسس. وفي مجمعَي عام 422 و424 تّم التشديد من جديد على أحادية الرئاسة الكنسية، وتبنى الأخير، المعروف بمجمع داديشوع، لقب الجاثليق – البطريرك لكرسي ساليق وقطيسفون، التي عرفت فيما بعد بالمدائن. جاء في القرار 61: ” إن الجاثليق داديشوع الذي يقوم على رأس كنيسة الله. في بلاد المشرق هو بمثابة بطرس، القائم على رأس الرسل”. وفي مجمع آقاق عام 486 برز استقلالها العقائدي. بهذه المجامع الثلاثة أظهرت كنيسة المشرق نفسها منظمَّة إدارياً وذاتيًا، إلا أنها لبثت كنيسـة “خارج الأسوار”، أي خارج الإمبراطوريــة الرومانيــة، وعمومًا معزولة بسبب ظروفها الجغرافية والسياسية، ولم تتمكن من الإشتراك في المجامع المسكونية المنعقدة داخل الإمبراطورية.