في كتابات القديس يوحنا نجد بعض الإشارات لأسرار الكنيسة منها:
أ ـ سر المعمودية: يذكر معمودية السيد المسيح
(يو 32:1 ــ 34) وأيضاً يسوع يحدث نيقوديموس عن الولادة
الجديدة من الماء والروح (يو 1:3 ــ 7) وأيضاً بعد طعن السيد
المسيح بالحربة في جنبه يخرج منه دم وماء (يو 34:19).