حياته كلمة "أغاثو" أو "أغاثون" معناها "صالح"؛ وقد كان هذا الأب صالحًا كاسمه.
نشأ أغاثو في منطقة مريوط محبًا لحياة التأمل بقلب منفتح نحو الخدمة، لهذا عندما اضطر البابا بنيامين (38) إلى الاختفاء بسبب الضيق الذي عاناه من الملكيين تخفى الكاهن أغاثو في زي نجار، يحمل أدوات النجارة جهرًا، ممارسًا أعمال الكهنوت الرعوية والسرائرية خفية، يشدّد الشعب على احتمال الضيق، ويقيم لهم الأسرار الإلهية. لهذا إذ عاد البابا بنيامين بعد دخول العرب مصر اتخذ الكاهن أغاثو سكرتيرًا خاصًا، فكان الإنسان التقي الأمين في خدمته لكنيسته ورعايته للشعب.
مرض البابا بنيامين، وصار ملازمًا الفراش قرابة عامين فكان الكاهن أغاثو هو المتصرف في تدبير أمور الكنيسة، فتعلق به الشعب جدًا لأمانته ورقته ووداعته.
سيامته بطريركًا:


إذ تنيح البابا بنيامين (38) أُنتخب بطريركًا، وإذ وجد عددًا كبيرًا أسرى من روم وصقليين وإيطاليين فكان يفتديهم بالمال، ويترك لهم حرية الاختيار أن يبقوا بمصر أو يعودوا إلى بلادهم.
في عهده ذهب أحد التابعين لكنيسة الملكانيين (الأروام) بمصر يُدعى ثيؤدورس إلى دمشق والتقى بالخليفة زيد بن معاوية، وقدم له مبلغًا كبيرًا من المال لينعم عليه بسلطان على الإسكندرية ومريوط، وعاد إلى الإسكندرية يضايق البابا أغاثو، يطلب منه جزية سنوية ويرهقه بدفع كل ما ينفقه على النوتية في الأسطول.
اضطر البابا أن يلتزم بالبقاء في قلايته ليلًا ونهارًا، إذ كان ثيؤدورس أوصى أتباعه أن من يراه يرجمه بالحجارة ويقتله، أما البابا فكان يصلي من أجله.
لم يتوقف البابا عن العمل، فكان يرسم كهنة أتقياء خائفي الله يعملون، وكان يدبر أمور شعبه من قلايته.
تنيح البابا سنة 677 م بعد أن بقى على الكرسي 17 عامًا. أسرع ثيؤدورس يغلق أبواب البطريركية ويختمها بالشمع الأحمر، فاستاء الشعب من ذلك، والتجأ الأراخنة بسخا إلى والي سخا، الذي تدخل ورفع هذا الثقل عن الشعب. غير أن الله لم يهمل ثيؤدورس إذ ضربه بمرض الاستسقاء ومات وسط آلام مرة. تحتفل الكنيسة القبطية بعيد نياحته في 16 من شهر بابه.